Традиционными отраслями хозяйства являются пашенное и поливное рисосеяние. В Японии выращивали чай, овощи, цитрусовые, было развито шелководство и рыболовство. В Губернаторстве Карафуто население занималось основными видами деятельности − рыболовством и сельским хозяйством. Помимо этого были заняты в лесной и угольной промышленности.
Карафуто был покрыт тысячами акров сосновых лесов, которые служили сырьевой базой для производства целлюлозы, скипидара, спирта и других продуктов деревообработки. В 1910 г. правительство на аукционе продает огромные лесные участки. Главным покупателем была компания «Мисуи Бусан». Эта фирма построила в 1913 г. в Отомари (Корсаков) современный целлюлозный-бумажный завод. Позднее такие заводы были построены Отиай (Долинск), Тоёхара, Сиритори (Макаров), Сикука (Поронайск), Томариору (Томари). Во второй половине 1930-х годов все предприятия целлюлозно-бумажной промышленности и половина заготовляемой древесины оказалась в руках фирмы «бумажного короля» Японии Одзи.
Важное место в экономической эксплуатации Южного Сахалина занимала разработка каменного угля на западном побережье, а затем и на юге острова. Чтобы привлечь внимание к развитию угольной промышленности на Южном Сахалине правительство в 1905-1912 гг. разрешило компаниям покупать право вести разработку угля на западном побережье. К 1916 г. значительная часть месторождений каменного угля была перепродана японскому концерну «Мицуи». К 1938 г. на территории Карафуто действовали 35 угольных шахт и 10 рудников, около 2-3 млн. тонн составляла добыча угля в год. Одна треть угля вывозилась через порты в Японию – в Токио, Осака, Нагою, а также в Корею и Гонконг. Часть угля шла на сухую перегонку для производства полукокса, тяжелых масел, бензина, парафина. В качестве рабочей силы на угольных шахтах использовали корейцев.
Сельское хозяйство на Карафуто развивалось более низкими темпами. Оно было ориентировано на снабжение жителей городов овощами, молоком, маслом, мясом и другими продуктами.
Для развития сельского хозяйства на Южном Сахалине японское правительство шло по пути привлечения переселенцев различными льготами. Каждой приехавшей на Карафуто семье отводилось 20-25 акров земли. Право полной собственности наступало через 5 лет, при условии, что не менее 60% отведенного участка оказывалось культивированным. Кроме того, иммигранты получали регулярные субсидии, полное освобождение от налогов на три года, бесплатный инвентарь и техническую консультацию от исследовательских сельскохозяйственных бюро. Основная волна переселенцев на Южный Сахалин была в основном с Хоккайдо и северной части острова Хонсю, соблазненные вербовщиками, действующими по всей территории Японии.
В основном, переселенцы выращивали здесь ячмень, гречиху, бобы и картофель. В качестве органических удобрений японские крестьяне использовали рыбный тук, морские водоросли. Некоторые занимались молочными фермами, пушным звероводством (лисьи фермы). Интересно, что многие методы ведения сельского хозяйства на Карафуто были заимствованы с американского среднего Запада, особенно из штатов Миннесота и Висконсин.
Освоение новых земель на Южном Сахалине было связанное не только с корчеванием, но осушением торфянистых болот, которое требовало больших затрат и физического труда.
Основное внимание в сельском хозяйстве уделялось сахарной свекле, пшенице, гречихе, фасоли, зеленому горошку.